〈電車・バス通勤者の通勤手当〉

 役員や使用人に通常の給与に加算して支給する通勤手当や通勤定期券などは、一定の限度額まで非課税となっています。
 電車やバスなどの交通機関だけを利用している人と交通機関のほかにマイカーや自転車なども使っている人の通勤手当などの非課税となる限度額については以下のとおりです。

Ⅰ　電車やバスだけを利用して通勤している場合

 この場合の非課税となる限度額は、通勤のための運賃・時間・距離等の事情に照らして、最も経済的かつ合理的な経路及び方法で通勤した場合の通勤定期券などの金額です。
 新幹線鉄道を利用した場合の運賃等の額も「経済的かつ合理的な方法による金額」に含まれますが、グリーン料金は含まれません。
 最も経済的かつ合理的な経路及び方法による通勤手当や通勤定期券などの金額が、1か月当たり15万円を超える場合には、15万円が非課税となる限度額となります。

Ⅱ　電車やバスなどの他にマイカーや自転車なども使って通勤している場合

 この場合の非課税となる限度額は、次の(1)と(2)を合計した金額ですが、1か月当たり15万円が限度です。

1. (1) 電車やバスなどの交通機関を利用する場合の1か月間の通勤定期券などの金額
2. (2) マイカーや自転車などを使って通勤する片道の距離で決まっている1か月当たりの非課税となる限度額

 1か月当たりの非課税となる限度額を超えて通勤手当や通勤定期券などを支給する場合には、超える部分の金額が給与として課税されます。
 この超える部分の金額は、通勤手当や通勤定期券などを支給した月の給与の額に上乗せして所得税及び復興特別所得税の源泉徴収を行います。
 なお、通勤手当などの非課税となる限度額は、パートやアルバイトなど短期間雇い入れる人についても、月を単位にして計算します。

国税庁　　No.2582　電車・バス通勤者の通勤手当

https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/gensen/2582.htm